Der Rechnungshof mit Sitz in Karlsruhe nimmt die unabhängige staatliche Finanzkontrolle in Baden-Württemberg wahr. Er hat kraft Landesverfassung den Rang einer obersten Landesbehörde und steht daher auf einer Stufe mit den Landesministerien. Ihm nachgeordnet sind die staatlichen Rechnungsprüfungsämter in Freiburg, Stuttgart und Tübingen. Der Rechnungshof gliedert sich in die Präsidialabteilung und folgende Fachabteilungen. Die Fachabteilungen bilden im Wesentlichen spiegelbildlich die Ressorts der Landesregierung ab, so dass die Haushalts- und Wirtschaftsführung des Landes nach den jeweiligen Themenfeldern der Ministerien geprüft wird.

Abteilung P/Prüfungen
ist zuständig für die Prüfung des Landtages, Staatsministeriums und Landesbeauftragten für den Datenschutz und die Informationsfreiheit. Außerdem werden Grundsatzfragen zum Sponsoring bearbeitet.

Abteilung 1
konzentriert sich bei den Prüfungen auf den Bereich des Ministeriums für Wissenschaft, Forschung und Kunst. Dazu gehören unter anderem alle Hochschulen, kulturelle Einrichtungen und Studierendenwerke sowie die Universitätsklinika. Daneben ist sie für den Südwestrundfunk (SWR) und die Landesanstalt für Kommunikation (LFK) sowie die außeruniversitären Forschungseinrichtungen zuständig.

Abteilung 2
bearbeitet Grundsatzfragen wie Haushaltspolitik, Haushaltsrecht, Haushaltsrechnung, Vermögensrechnung, Landesbetriebe, allgemeine Haushaltsthemen. Weitere Prüfungsbereiche sind das Justiz-, Finanz- und das Kultusressort sowie der Verfassungsgerichtshof.

Abteilung 3
untersucht die Haushalts- und Wirtschaftsführung im Wirtschaftsressort und im Ministerium Ländlicher Raum und Verbraucherschutz sowie in dessen nachgeordneten Dienststellen. Zudem prüft die Abteilung die Betätigung des Landes bei Betrieben und Unternehmen, an denen das Land unmittelbar oder mittelbar beteiligt ist, und führt Querschnittsprüfungen im Bereich Personal durch.

Abteilung 4
führt als Querschnittsabteilung Organisations-, Personalbedarfs- und Wirtschaftlichkeitsuntersuchungen sowie Prüfungen der IT-Organisation und des IT-Einsatzes in der Landesverwaltung durch. Außerdem prüft die Abteilung die Ressortbereiche des Innen- und des Sozialministeriums.

Abteilung 5
obliegt die Prüfung von Baumaßnahmen aller Art, soweit im Staatshaushaltsplan dafür Mittel veranschlagt sind, sowie der Staatlichen Hochbauverwaltung. Außerdem ist die Abteilung für Prüfungen im Bereich des Umwelt- und des Verkehrsressorts sowie des Ministeriums für Landesentwicklung und Wohnen zuständig.

Abteilung P/Verwaltung
Die Präsidialabteilung übernimmt zentrale Verwaltungsaufgaben unter anderem im Bereich Personal, Haushalt, Organisation und Informationstechnik. Sie ist zudem für Grundsatzangelegenheiten zuständig. Dadurch unterstützt sie insbesondere die Hausspitze aber auch die gesamte Finanzkontrolle bei der Wahrnehmung ihrer Aufgaben.